飞蟹的体色随着周围环境的变化而变化。生活在沙底的个体有浅灰绿色的头胸甲，前鳃区有圆形白斑，爪足大部分为紫色带白斑，部分或整个腹部为白色，前三对长腿和腕关节也为白色，手掌为蓝白色，皮毛为棕色。

指关节紫蓝色或紫红色，第四对足绿色带白斑，指尖紫蓝色。生活在海藻中的个体颜色较深。为杂食性，鱼、虾、贝类、藻类都吃，甚至吃同类，喜欢吃动物尸体。

头部胸甲呈纺锤形，略微凸起。表面有三个明显的疣状凸起，一个在胃区，两个在心脏区。其形状似椭圆，两端尖如织布梭子，故有三疣梭子蟹之名。两个前侧边各有九个锯齿，第九个锯齿特别长，向左右延伸。额缘有4颗小齿。

前额两侧有一对可转动的复眼，复眼上有手柄。有五对乳房和脚。刺足发达，长节棱形，内缘有钝齿。第四对行走足的指关节平、宽、薄如桨，适合游泳。腹部扁平(俗称蟹肚脐)，雄蟹腹部呈三角形，雌蟹腹部呈圆形。雄蟹背部为深绿色，雌蟹背部为紫色。

腹面都是灰色的。